Para los ecologistas ss urgente recuperar el estado primitivo del río en su zona intermedia y eliminar el “azud de Celupal”, para restablecer el cauce del Río Palmones y Arroyo Botafuego a su estado natural. La zona baja y la desembocadura del río Palmones están sufriendo un impacto que puede ser irrecuperable si no se actúa rápido. Esta desembocadura constituye un reducto único en la Bahía de Algeciras. La zona está catalogada como Paraje Natural mediante la Ley 2/1989, de 18 de julio, por la que se aprueba el inventario de Espacios Naturales Protegidos de Andalucía y se establecen medidas adicionales para su protección (BOJA núm. 60, de 27/07/1989) desde el año 2002 se clasifica como Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA), y es Zona de Especial Conservación (ZEC) desde 2014. Además, este enclave se encuentra incluido en el Inventario Andaluz de Humedales (I.H.A.).
Los conservacionistas explican que existe una presión en los tres biotopos existentes y en su diversidad ornitológica. Desde Verdemar señalamos que no es la primera vez que denunciamos la desaparición de la pradera de ‘Zostera Noltii’ en la desembocadura del río, como consecuencia de las regeneraciones de arenas en la playa del Rinconcillo (Algeciras) de la duna de Valdevaqueros (Tarifa) de los últimos años. La arena de distinta granulometría ha sepultado esta especie catalogada en peligro crítico de extinción. La presa de Celupal contribuye también a que se estén acumulando esos arenales en la bocana del río. Está reduciendo el caudal del mismo.
La hidrología del río Palmones tiene en la actualidad un caudal escaso durante la mayor parte del año, como consecuencia de la regulación del río y el taponamiento del azud. Al quitar la construcción y dejar libre el curso del río, las avenidas modificarían de manera natural parte del problema que se está produciendo en la desembocadura.
