Los caudales ecológicos de este río están desapareciendo como consecuencia de la mala planificación urbanística y el aumento de nuevas plantaciones de aguacates en zonas de secano.
Esto acabará con las reservas de los acuiferos del pliocuaternario Guadarranque -Palmones.
Hay que tener en cuenta que los arroyos son el ojo de esos acuíferos y ya algunos han perdido ese caudal ecológico que han conservado desde hace años.
El arroyo de la Alhaja, San Roque (Parque Natural de Los Alcornocales) está sin caudal poniendo en peligro especies de flora y fauna protegidas por la ley.
Si se siguen con las captaciones ilegales en el acuífero, la vegetación de la zona languidecerá, se produciría una catástrofe ecológica en el arroyo, ya que moriría toda la vegetación de ribera, comenzando por la aliseda y el resto de especies umbrófilas que crecen bajo su dosel. Se da la circunstancia de que buena parte de la flora que puebla este arroyo está protegida por la Ley.
A modo de ejemplo, se citan las especies de la vegetación riparia que viven aguas abajo de la captación incluidas en la Lista Roja de la Flora Andaluza:
Pero no sólo se trata de flora en peligro de extinción, en el arroyo de la Alhaja cohabitan igualmente odonatos protegidos, cuyas larvas acuáticas dependen en exclusiva de la calidad de las aguas del arroyo.
Justo debajo de las captaciones existen especies en peligro crítico de extinción, como el cacho de Málaga (Squalius malacitanus)
