Se rige por unas bases reguladoras aprobadas por el Consejo de Administración de la APBA. Asimismo, la Comisión está formada por miembros del citado Consejo, con representantes de la Administración central, autonómica y local, empresarios, sindicatos y la propia Autoridad Portuaria.
Aquellos colectivos que quieran optar a estas ayudas deben presentar su proyecto a través de la página web de la APBA, donde también podrán encontrar las bases reguladoras de la convocatoria.
En 2019 la Comisión Puerto-Comarca colaboró con 152 proyectos benéficos, culturales y deportivos. Del total del presupuesto, la mitad de las ayudas correspondieron a colectivos benéficos como Banco de Alimentos, asociaciones que atienden a los enfermos y familiares de diversas enfermedades, discapacidades, de atención a víctimas de violencia de género, adicciones, prevención del abandono escolar, atención a personas sin hogar o riesgo de exclusión social, ayuda a inmigrantes y refugiados, entre otros.
